Onderzoek behelst de kwalitatieve en kwantitatieve studie van de soortdiversiteit, populatiedynamica en meta-metabolomica van levensmiddelenecosystemen (gefermenteerde zuivelproducten, gefermenteerde worst, zuurdesems, gefermenteerde groenten en fruit, inclusief cacao, zure bieren en waterkefir) en van de microbiële fysiologie en modellering van fermentaties met levensmiddelencompatibele micro-organismen en bacteriën van het humane colon.

Er wordt nagegaan waarom bepaalde micro-organismen in bepaalde ecosystemen aanwezig zijn en hoe hun competitiviteit en functionaliteit in deze ecosystemen biochemisch en moleculair te verklaren zijn. Dit alles kadert in de ontwikkeling van respectievelijk nieuwe, functionele starter- of adjunctculturen voor een gecontroleerd en/of gestuurd fermentatieproces aangaande voedselveiligheid, organoleptische eigenschappen en authenticiteit en de ondersteuning van gezondheidsclaims.